空气中杂菌很多，因此接种室、接种箱在使用前务必彻底消除这些污染源。消除或杀死室内杂菌、方法主要有：消毒剂熏燕或喷雾、紫外线照射、空气过滤、空气消毒器处理等。
（1）紫外线照射法。将接种室、接种箱打扫干净，将要用的接种工具、材料放人接种室、接种箱，关好门窗，使接种室、接种箱密封。开紫外灯照射30分钟后关掉电源，遮光30分钟后即可进行接种，照射时紫外线灯与被照射物的距离以不超过1.2米为宜。关掉电源，尽量避免光线照射到接种室、接种箱内，否则某些杂菌会因光修复作用而复活。
（2）空气过滤消毒。是通过空气过滤对环境进行消毒，形成无菌环境，通常采用的是超净工作台。使用时。将接种工具、材料放在超净工作台台面上，接上电源，开动过撼装置20-30分钟，即可进人接种室，用超净工作台接种时务必带口罩。
（3）接种用空气消毒器。又称食用菌专用高效消毒灭菌器。接上电源后，臭氧气体即在接种室或接种箱内空间扩敞，迅速渗透到杂菌细胞体内，使其蛋白质变性，破坏酶系统，使代谢中止而被杀灭，从而使被消毒的空气达到无菌条件，大大地提高接种的成功率。该消毒器操作简便，性能稳定，成本低。使用时，将要消毒的接种室或接种箱密封，开机30一45分钟，停机后20分钟即可接种。停机20分钟后，大多数臭氧已还原为氧气，对人体无不良副作用。